一、采購項目名稱及內容
采購人:廣西壯族自治區疾病預防控制中心;
采購項目名稱:免疫規劃檢測項目測序服務;
項目編號:--(重);
資金來源:財政資金。
二、項目內容
(一)菌株全基因組測序:次。
.樣本類型:純化后的滅活細菌。
.提取:采用或的方法對樣本的基因組 進行提取,之后利用瓊脂糖凝膠電泳檢測 的純度和完整性,利用進行定量。
.文庫構建: 經電泳檢測合格的 樣品用 超聲波破碎儀隨機打斷成長度約為的片段。處理完成后的片段,使用 ?? (, )試劑盒,經末端修復、加尾、加測序接頭、純化、擴增等步驟完成整個文庫制備。
.文庫檢測:文庫構建完成后,先使用 . 進行初步定量,稀釋文庫至 /,使用 對文庫的插入片段進行檢測, 符合預期后,使用 - 方法對文庫的有效濃度進行準確定量,以保證文庫質量。
.測序和交付平臺:使用 上機測序,運行智能化交付系統和自動化樣本庫系統;
.數據質量:原始下機數據測序質量要求: ≥%,≥%;
.數據量: ≥/樣本;
.數據交付:需要交付 ;
.周期要求:需要保證項目可加急得到響應,二代測序儀充足≥臺;
.生物信息學分析內容:
① 原始下機數據處理:過濾測序質量值低的,保留高質量,得到 ;
② 樣品組裝: 進行基因組組裝,得到能反映樣品基因組基本情況的序列文件,并對組裝結果進行評價;
③ 基因組組分分析 組裝完成后,分析樣品基因組的成分,包括編碼基因、非編碼、重復序列、前噬菌體、基因島、等基因組成分的預測;
④ 功能注釋 針對編碼基因序列進行不同數據庫的功能注釋,包括常用的、數據庫、針對病原微生物的數據庫;
⑤ 基因組比較分析 此步驟從基因組、基因兩層面分別比較樣品與參考基因組的差異,包括共線性分析、基因家族構建、共有/特有基因分析、物種進化樹構建。
(二)一代測定服務:....
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